“Le Garçon et le Héron” suit Mahito, un jeune garçon qui perd sa mère dans un incendie à Tokyo pendant la Seconde Guerre mondiale. Son père se remarie et déménage à la campagne, où Mahito découvre une mystérieuse tour en ruines liée à un héron surnaturel. En suivant le héron, Mahito entre dans la tour et se retrouve dans un monde magique. Là, il rencontre divers personnages, dont une version plus jeune de sa mère et un grand-oncle sorcier, qui l’aident à comprendre les mystères de la tour et de sa propre histoire. Mahito doit affronter des épreuves pour sauver sa mère et sa belle-mère, Natsuko, capturées par des perruches géantes. Avec l’aide de nouveaux alliés, il rétablit l’équilibre du monde magique et retourne dans son propre monde, ayant trouvé la paix et une nouvelle famille.